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ニュースリリース

新型コロナウイルス感染症(COVID-19)の研究データへの迅速アクセスを提供
?「COVID-19データポータルJAPAN」を公開~

 大学共同利用機関法人 情報?システム研究機構(ROISロイス、機構長:藤井良一、東京都港区)の、国立情報学研究所(NIIエヌアイアイ、所長:喜連川 優、東京都千代田区)オープンサイエンス基盤研究センター(RCOSアールコス、センター長:NIIコンテンツ科学研究系教授 山地 一禎)と国立遺伝学研究所(NIGエヌアイジー、所長:花岡 文雄、静岡県三島市)の生命情報?DDBJディーディービージェーセンター(センター長:NIG生命ネットワーク研究室教授 有田 正規)は、国内外に散在する新型コロナウイルス感染症(COVID-19)に関する研究データへ研究者が迅速にアクセスできるよう、オープンデータの調査と収集を実施し、その結果を「COVID-19データポータルJAPAN(リンク:https://covid19dataportal.jp/)」として公開します。このポータルサイトでは、遺伝子配列情報や、タンパク質情報、疾患情報などの生命科学系の研究データだけでなく、画像や文献、データ投稿のツールも含めたリソースを、分野横断的に収集することができます(表1)。研究者がこの基盤を活用して研究データを発見し、創出したデータをさらにオープンに共有していくことができれば、未だ出口の見えないコロナ禍の解決に繋がると考えられます。

 本ポータルサイトは、既に欧州で公開されている「COVID-19 Data Portal(リンク:https://covid19dataportal.org/)」の枠組みに賛同する形で開始しました。海外でも、国ごとに産生されるCOVID-19の研究成果をまとめ、ポータルとして公開する動きが広まりつつあります。このポータルサイトは、国内の多数の機関の協力を受けて公開していきます。機関や分野を超えて、日本のCOVID-19研究推進と、データ共有の円滑化に貢献する基盤として、今後もコンテンツの強化を続ける予定です。

COVID-19データポータルJAPAN

nii_newsrelease_20201005_image1.png

https://covid19dataportal.jp/
2020年10月5日(月)10時公開予定

 このポータルサイトでは、収集したCOVID-19関連の研究データやツールを分野別にリスト化しており、それぞれの説明を参考に各リソースに迅速にアクセスすることができる。

 

表1 COVID-19 データポータル JAPANからリンクされるデータ一覧

提供機関

コンテンツタイトル

概要(件数は2020年7月時点)

ライフサイエンス統合データベースセンター

DBCLS Service

バイオインフォマティクスやデータベース統合に役立つツールやサービス

国立遺伝学研究所DDBJセンター

DDBJ ARSA

10082件の塩基配列

DDBJ SRA

71件の次世代シーケンサによる解析

DDBJ 検索?解析

配列データの検索や解析ツール

DDBJ 登録

三大国際データバンクの登録ページ

国立医薬品食品衛生研究所

新型コロナウイルスに関する情報提供のページ

新型コロナウイルスに関する医薬品?PCR検査?抗体検査?食品安全に関する情報

国立感染症研究所

感染研 画像?映像アーカイブ 

コロナウイルスの電顕写真など

国立情報学研究所

CiNii Articles

1504件の文献情報。

CiNii Books

41件の書籍情報

JAIRO Cloud

クラウド型の機関リポジトリ環境提供サービス

国立国会図書館

国立国会図書館 リサーチ?ナビ

13件のCOVID-19に関する調べ方とコンテンツ一覧

日本学術会議

Information on important infectious diseases including COVID-19 in Japan

政府や自治体から出された統計情報や提言

京都大学化学研究所附属バイオインフォマティクスセンター

KEGG Virus

11件の部分配列情報

KEGG Genome

1件のゲノム配列全長情報

KEGG Disease

新型コロナウイルス感染症の定義情報

KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes

KEGGデータベースシステムの統括ページ

科学技術振興機構バイオサイエンスデータベースセンター

TogoProt

数十件の蛋白質DBの統合検索

NBDCブログ

COVID-19に関するコンテンツ一覧を記したブログ記事

NBDC

データベースのカタログ、横断検索、アーカイブなど

LSDB Archive

国内のライフサイエンス研究者が生み出したデータセットのアーカイブ

大阪大学蛋白質研究所

PDBj: Protein Data Bank Japan

104件の代表構造と解説

米国国立衛生研究所

PubMed

31054件の文献情報

PubMed Central: PMC

米国NIHの収集するCOVID-19関連のOAジャーナルへのリンク

UniProt Consortium

UniProt: The Universal Protein Resource

53件のタンパク質データ

Europe PMC funder group

Europe PMC

114401件のOAジャーナルとプレプリント

山地 一禎 国立情報学研究所(NII)オープンサイエンス基盤研究センター長からのコメント:

「本サイトは、世界の公開遺伝情報を集約している国立遺伝学研究所DDBJセンターと共同で開発を進め、コンテンツの充実に努めました。サイトの構築を進めながら、国内におけるCOVID-19の研究成果の公開が、海外に比べると積極的に進んでいない現状も見えてきました。こうした取り組みを通じて、日本からのデータ発信がさらに促進されることを期待します。今後も国内外の関係機関と協調し、COVID-19研究や知識発見に貢献するサービスを提供して参ります。」

有田 正規 国立遺伝学研究所(NIG)生命情報?DDBJセンター長からのコメント:

「日本はCOVID-19関連の論文数が少ないと報道されます。その原因は責任の所在が各都道府県に押し付けられてしまい、ウィルスのRNA配列を含めた情報公開が進まないことです。風評被害やバッシングを懸念するほど、情報は秘匿されてしまいます。このポータルと姉妹サイトを通じて多くの人に世界情勢を知ってもらい、情報の自由な流通がメリットになることを実感してもらいたいです。」

関連リンク

ニュースリリース(PDF版)

新型コロナウイルス感染症(COVID-19)の研究データへの迅速アクセスを提供
~「COVID-19データポータルJAPAN」を公開~


※本発表は、国立遺伝学研究所との共同発表です。
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